В последние годы установлена связь между апноэ сна и некоторыми эндокринными заболеваниями. Секреция многих гормонов существенно изменяется после засыпания по сравнению с периодом бодрствования. При эндокринопатиях изменения в секреции ряда гормонов и следующие за ними патологические процессы могут способствовать развитию апноэ сна. Фрагментация сна и прерывистая гипоксия, возникающие при синдроме обструктивного апноэ сна, ведут к уменьшению чувствительности к инсулину, что способствует развитию сахарного диабета 2-го типа. Распространенность апноэ сна повышается при акромегалии. Это может оказывать влияние на риск сердечно-легочных осложнений у таких пациентов.
Обнаружены ассоциации между апноэ сна и терапией тестостероном у мужчин, а также периодом менопаузы у женщин. Апноэ сна при гипотиреозе чаще всего обусловлено развитием самого гипотиреоза и поэтому может иметь обратное развитие при назначении заместительной терапии тиреоидными гормонами. Своевременное выявление и лечение апноэ сна у пациентов с эндокринной патологией может улучшить прогноз выживаемости и качество жизни.